Heilsdagsskóli er viðvera fyrir nemendur í 1. – 4. bekk grunnskóla, á dagvinnutíma utan þess tíma sem nemendur sækja kennslustundir samkvæmt stundaskrá sinni. Oftast er það tíminn frá kl. 13 og fram til kl. 17, tekur mið af aðstæðum í hverjum grunnskóla. Heilsdagsskólinn er opinn alla kennsludaga og líka þá daga sem kennsla er óhefðbundin og er þá jafnvel opinn allan dagvinnutímann, til dæmis foreldraviðtalsdaga. Heilsdagsskólinn starfar ekki yfir sumartímann.
Foreldrar greiða mánaðarlega fyrir heilsdagsskólann (sjá: Gjaldskrá grunnskóla). Skólarnir geta sett takmarkanir á dvöl nemenda sem ekki er greitt fyrir, til dæmis að plássi sé fyrirgert í framhaldi ógreiddrar dvalar í heilsdagsskólanum. Barn getur ekki hafið dvöl í heilsdagsskóla á nýju skólaári nema dvalargjöld síðastliðins skólaárs séu að fullu greidd.
Skráning í heilsdagsskóla fer fram í viðkomandi grunnskóla. Heimilt er að takmarka aðgang að heilsdagsskólanum eftir aðstæðum, svo sem húsnæði og starfsfólki. Sú regla gildir þá að sá sem fyrr skráir sig hefur forgang. Skólar geta sett viðbótarreglur um dvöl í heilsdagsskóla. Kynnið ykkur nánar starfsreglur heilsdagsskóla í hverjum grunnskóla.
Haustið 2006 hófst þróun tómstundatilboða til barna í heilsdagsskólanum í tveimur skólum, Hraunvallaskóla og Hvaleyrarskóla. Tómstundatilboðin ná nú til allra skólanna og eru þau kynnt í hverjum skóla þar sem munur getur verið á viðfangsefnum eftir skólum. Greitt er sérstaklega fyrir þátttöku í tómstundatilboðunum og er þátttaka valkvæð fyrir börn sem sækja heilsdagsskólann. Umsjá tómstundatilboðanna er í höndum ÍTH.